پروتئومیکس FFPE
گردش کار پروژه
تجزیه و تحلیل نمونه FFPE زمانی که نمونه‌های ساخت کتابخانه مناسب وجود دارد:
- نمونه‌های FFPE
- آب گیری و رطوبت دهی مجدد
- حذف اتصالات متقاطع
- پروتئین
- هضم آنزیمی
- تجزیه و تحلیل LC-MS/MS DIA
- تحلیل داده‌ها.
تجزیه و تحلیل نمونه FFPE زمانی که نمونه‌های ساخت کتابخانه مناسب وجود ندارد:
- نمونه‌های FFPE
- آب گیری و رطوبت دهی مجدد
- حذف اتصالات متقاطع
- پروتئین
- هضم آنزیمی
- تجزیه و تحلیل LC-MS/MS DIA
- تحلیل داده‌ها.
مشخصات سرویس طیف سنجی جرمی
خدمات پروتئومیکس FFPE با استفاده از Nano-flow liquid chromatography و طیف سنج جرمی پیشرفته Q Exactive HF/HF-X انجام می‌شود.
آماده سازی و خدمات نمونه
- آنالیز QC هیدرولیز آنزیمی دقیقاً توسط LC-MS کنترل می‌شود.
- کتابخانه طیفی DDA که با استفاده از فناوری HPLC و تقسیم نمونه ایجاد می‌شود.
استاندارد کیفیت
- خلاصه، شامل کلیه روش‌ها و تجزیه و تحلیل داده‌ها است.
- گزارش‌ها در قالب Excel یا PDF ارائه می‌شود. در صورت درخواست، امکان ارائه فایل‌های خام نیز وجود دارد.
مدت زمان ارائه خدمات
- معمولاً 5 تا 6 هفته از زمان پذیرش QC نمونه تا تحویل گزارش داده‌ها.
الزامات نمونه
|
نوع نمونه |
میزان |
توجه |
|
|
نمونه‌های ساخت کتابخانه |
نمونه‌های تازه از بافت مربوطه |
> 5 mg |
رتبه بندی اثر نتایج: بافت تازه > بلوک بافت FFPE > اسلایس FFPE |
|
بلوک بافتی FFPE |
> 1 mg |
||
|
برش FFPE |
حداقل: 150 mm2؛ 3 برش، 10 µm، >50 mm2 |
||
|
توصیه شده: 500 mm2؛ 10 برش، 10 µm، >50 mm2 |
|||
|
نمونه‌های آنالیز DIA |
اسلایس FFPE |
≥ 1 برش، ضخامت 10 µm، > 50 mm2؛ بدون رنگ یا رنگ hematoxylin-eosin |
نمونه‌های FFPE در دمای اتاق و نمونه‌های بافت تازه با یخ خشک حمل می‌شوند |
|
بلوک بافتی FFPE |
> 1 mg ؛ بدون رنگ |
||
|
LCM FFPE (Laser capture microdissection) |
> 5000 سلول؛ بدون رنگ یا رنگ hematoxylin-eosin |
||
- برای نمونه‌هایی که بیش از یک سال ذخیره شده‌اند، توصیه می‌شود که مشتریان 1 تا 2 نمونه را برای آزمایش اولیه به منظور ارزیابی نمونه‌ها ارسال کنند.
تحلیل داده‌ها
- تجزیه و تحلیل داده‌ها و اعتبار سنجی با Mascot انجام می‌شود.
- فهرست شناسایی و کمیت پروتئین
- آمار داده‌های پروتئین‌های افتراقی و volcano plot
- تجزیه و تحلیل به مولفه های اصلی (PCA) و تجزیه و تحلیل خوشه‌ای
- تفسیر زیستی Protein GO/COG/KOG/Pathway
- تجزیه و تحلیل غنی سازی GO/COG/KOG پروتئین‌های افتراقی
- تجزیه و تحلیل برهمکنش پروتئین-پروتئین
- تجزیه و تحلیل جابجایی درون سلولی پروتئین
- تجزیه و تحلیل سری های زمانی
- تجزیه و تحلیل تکرارپذیری.
