Isobaric Label

شرح خدمات

ما راه‌حل‌های نوآورانه‌ای برای بهینه‌سازی فرآیند اندازه‌گیری دقیق پروتئین‌ها در ماتریس‌های زیستی پیچیده و سایر مخلوط‌های پیچیده توسعه  و ارائه داده‌ایم.

پروتئومیکس کمی Isobaric Label TMT

خدمات ایزوباریک نشاندار شامل مالتی‌پلکس سازی نمونه برای ارائه پوشش عمیق تر پروتئوم و کمی سازی بسیار دقیق مجموعه نمونه‌های کوچک یا متوسط است. نمونه‌ها به طور جداگانه تهیه و برچسب گذاری می‌شوند، سپس تمام نمونه‌ها با هم ادغام شده و با Nano-flow LC-MS/MS1 تجزیه و تحلیل می‌شوند.

گردش کار پروژه

BGI خدمات پروتئومیکس کمی مبتنی بر ایزوباریک نشاندار را با استفاده از فناوری‌های iTRAQ (ایزوباریک نشاندار برای کمی‌سازی نسبی و مطلق) ، IBT (ایزوباریک نشاندار برای کمی‌سازی) و TMT (Tandem Mass Tags برای کمی سازی) به ترتیب توسعه‌یافته توسط AB SCIEX، BGI و Thermo Scientific، ارائه می‌کند.

• استخراج پروتئین
• هضم پروتئین
• نشاندار کردن ایزوباریک
• HPLC fractionation
• LC-MS/MS (DDA)
• تحلیل داده‌ها.

مشخصات سرویس طیف سنج جرمی

خدمات پروتئومیکس کمی ایزوباریک نشاندار با استفاده از Nano-flow liquid chromatography و طیف‌سنج جرمی پیشرفته (Q Exactive HF/HF-X) انجام می‌شود.

آماده سازی نمونه و خدمات

• QC مراحل هیدرولیز آنزیمی و نشاندار کردن به شدت توسط تجزیه و تحلیل LC-MS DDA کنترل می‌شود.
• 1h/fraction؛ 20 fraction برای یوکاریوت‌ها؛ 10 fraction برای پروکاریوت‌ها.

استاندارد کیفیت

• خلاصه، شامل کلیه روش‌ها و تجزیه و تحلیل داده‌ها است.
• گزارش‌ها در قالب Excel یا PDF ارائه می‌شود. در صورت درخواست، امکان ارائه فایل‌های خام نیز وجود دارد.

مدت زمان ارائه خدمات

• معمولاً 5-4 هفته پس از از زمان پذیرش QC نمونه تا تحویل گزارش داده‌ها.

الزامات نمونه

تحلیل داده‌ها

• تجزیه و تحلیل داده‌ها و اعتبار سنجی با Mascot انجام می شود.
• فهرست شناسایی و کمیت پروتئین
• آمار داده‌های پروتئین‌های افتراقی و volcano plot
• تجزیه و تحلیل به مولفه های اصلی (PCA) و تجزیه و تحلیل خوشه‌ای
• تفسیر زیستی Protein GO/COG/KOG/Pathway
• تجزیه و تحلیل غنی‌سازی GO/COG/KOG پروتئین‌های افتراقی
• تجزیه و تحلیل برهمکنش پروتئین-پروتئین
• تجزیه و تحلیل جابجایی درون سلولی پروتئین
• تجزیه و تحلیل تکرارپذیری.