نانوپروتئومیکس (Nanoproteomics)
مشخصات سرویس طیف سنجی جرمی
خدمات نانوپروتئومیکس با استفاده از Nano-flow liquid chromatography و طیف‌سنج جرمی Orbitrap Fusion Lumos انجام می‌شود.
آماده سازی نمونه و خدمات
- QC هیدرولیز آنزیمی به طور دقیق توسط LC-MS کنترل می‌شود.
- کتابخانه طیفی DDA با استفاده از فناوری HPLC و جزء جزء کردن نمونه sample fractionation ایجاد می‌شود.
- 2h/fraction؛ 2 ساعت برای تجزیه و تحلیل DDA.
استاندارد کیفیت
- خلاصه، شامل کلیه روش‌ها و تجزیه و تحلیل داده‌ها است.
- گزارش‌ها در قالب Excel یا PDF ارائه می‌شود. در صورت درخواست، امکان ارائه فایل‌های خام نیز وجود دارد.
زمان انجام پروژه
- معمولاً 5-6 هفته از زمان پذیرش QC نمونه تا تحویل گزارش داده‌ها.
الزامات نمونه
|
نوع نمونه |
میزان |
توجه |
|
|
نمونه‌های ساخت کتابخانه |
سلول‌های پستانداران از قسمت‌های مشابه یا مجاور |
5×105 |
بیش از 50 µg پروتئین قابل استخراج است |
|
بافت از قسمت‌های مشابه یا مجاور |
10 mg |
||
|
نمونه‌هایNanoscale |
سلول‌های پستانداران |
> 100 |
سلول‌ها یا بافت‌ها (نه LCM) با 200 µL لوله PCR با جذب کم جمع‌آوری شده و در 2-5 µL محلولPBS ذخیره می‌شوند. |
|
سلول تخمک یا سلول جنین اولیه |
> 1 و 3-5 بهتر است |
||
|
بافت |
1 mg |
||
|
LCM (microdissection نمونه برداری با لیزر) |
به ضخامت 10 µm, > 10 mm2 |
||
* به طور پیش فرض، شامل دو بخش است. اما در صورت عدم وجود نمونه‌های ساخت کتابخانه مناسب، می‌توان آنالیز نمونه‌های نانومقیاس را نیز انجام داد
تحلیل داده‌ها
- تجزیه و تحلیل داده‌ها و اعتبار سنجی با Mascot انجام می‌شود.
- فهرست شناسایی و کمیت پروتئین
- تجزیه و تحلیل خوشه‌ای الگوهای بیان در چندین نمونه
- تفسیر زیستی Protein GO/COG/KOG/Pathway
- تجزیه و تحلیل غنی سازی GO/Pathway پروتئین‌های افتراقی
- تجزیه و تحلیل برهمکنش پروتئین-پروتئین
- تجزیه و تحلیل جابجایی درون سلولی پروتئین
- تجزیه و تحلیل تکرارپذیری
- تجزیه و تحلیل همبستگی پروتئومیکس کمی و فسفوپروتئومیکس.
