پروتئومیکس PTM

شرح خدمات

ما راه‌حل‌های نوآورانه‌ای را برای بهینه‌سازی فرآیندهای شناسایی PTM پروتئین تخلیص شده، تعیین پروفایل پروتئین تغییر یافته و کمی‌سازی PTM پروتئین در ماتریس‌های زیستی پیچیده و سایر مخلوط‌های پیچیده توسعه داده‌ایم.

اصلاح پس از ترجمه (PTM) پروتئین‌ها، به تغییرات شیمیایی پس از ترجمه پروتئین‌ها اطلاق می شود. PTMهای رایج عبارتند از فسفوریلاسیون، گلیکوزیلاسیون، استیلاسیون و Ubiquitination. درنتیجه، شناسایی و درک PTMها در مطالعه زیست شناسی سلولی، درمان و پیشگیری بیماری‌ها امری کلیدی است.

BGI تجربه گسترده‌ای در زمینه پروتئومیکس PTM دارد و با استفاده از فناوری‌های پیشرفته موجود و زیرساخت بیوانفورماتیک پیشرفته، فرآیند قابل اعتمادی را توسعه و ارائه داده است.

گردش کار پروژه

فسفوریلاسیون:

• استخراج پروتئین
• هضم پروتئین
• Isobaric labeling و غنی‌سازی/غنی‌سازی پپتیدهای اصلاح شده
• HPLC fractionation
• LC-MS/MS (DDA برای Isobaric labeling و غنی‌سازی)
• LC-MS/MS (DIA برای غنی‌سازی پپتیدهای اصلاح شده)
• تحلیل داده‌ها

گلیکوزیلاسیون / استیلاسیون / Ubiquitylation:

• استخراج پروتئین
• هضم پروتئین
• غنی سازی پپتیدهای اصلاح شده
• HPLC fractionation
• LC-MS/MS (DDA)
• تحلیل داده‌ها

مشخصات سرویس طیف سنجی جرمی

خدمات پروتئومیکس PTM با استفاده از Nano-flow liquid chromatography و طیف سنج جرمی پیشرفته (Q Exactive HF/HF-X و Orbitrap Fusion Lumos) انجام می‌شود.

آماده سازی نمونه و خدمات

• هضم با استفاده از تریپسین با کیفیت مناسب برای توالی‌یابی انجام می‌شود.
• تجزیه نمونه Off-line با استفاده از تکنولوژی HPLC
• هر قطعه با استفاده از Nano-flow LC-MS/MS تجزیه و تحلیل می‌شود.
• غنی سازی TiO2/ZrO2 برای phosphoproteomics؛ غنی سازی آنتی‌بادی CST برای پروتئین‌های استیله/ یوبی‌کوئیتیله؛

غنی سازی ستون HILIC برای پروتئین‌های گلیکوزیله.

استاندارد کیفیت

• خلاصه، شامل کلیه روش‌ها و تجزیه و تحلیل داده‌ها است.
• گزارش‌ها در قالب Excel یا PDF ارائه می‌شود. در صورت درخواست، امکان ارائه فایل‌های خام نیز وجود دارد.

مدت زمان ارائه خدمات

• پروژه فسفوریلاسیون از زمان پذیرش QC نمونه تا تحویل گزارش داده‌ها 3-5 هفته
• پروژه گلیکوزیلاسیون از زمان پذیرش QC نمونه تا تحویل گزارش داده‌ها 4-5 هفته
• پروژه استیلاسیون از زمان پذیرش QC نمونه تا تحویل گزارش داده ها 3-5 هفته.

تحلیل داده‌ها

• تجزیه و تحلیل داده‌ها و اعتبار سنجی با Mascot انجام می‌شود.
• شناسایی PTM پروتئین
• تعیین کمیت PTM پروتئین
• تفسیر زیستی عملکرد پروتئین تغییر یافته
• غنی سازی عملکرد پروتئین افتراقی تغییر یافته
• تجزیه و تحلیل پیش بینی کیناز
• توزیع موتیف جایگاه‌های PTM.