پروفایلینگ پروتئوم

شرح خدمات

آنالیز تعیین پروفایل پروتئوم به تجزیه و تحلیل کل پروتئوم نمونه‌های پیچیده مانند سلول‌های کامل، بافت‌ها و مایعات بدن اشاره دارد. این روش اغلب برای شناسایی پپتیدها و پروتئین‌ها تا حد امکان استفاده می‌شود. آنالیز تعیین پروفایل پروتئوم بر اساس طیف سنجی جرمی (MS)، می‌تواند اطلاعات مرجع را برای پروتئومیکس کمی با بازدهی بالا و تجزیه و تحلیل اصلاح پروتئین ارائه دهد.

گردش کار پروژه

تعیین پروفایل پروتئوم راه حلی مقرون به صرفه و با ارزش بالا برای بررسی بر صدها تا هزاران پروتئین به طور همزمان است. ما هضم نمونه را با استفاده از تریپسین با کیفیت مناسب برای توالی‌یابی یا روش پروتئولیتیک جایگزین انجام می‌دهیم و سپس، نمونه‌های پپتید هضم شده با تریپسین با استفاده از nano-flow LC-MS/MS تجزیه و تحلیل می‌شوند. روش شمارش طیفی، اطلاعاتی را در مورد فراوانی نسبی پروتئین ارائه می‌دهد. علاوه‌براین، سیستم‌های HPLC sample fractionation ارائه شده توسط مجموعه ما، برای انواع نمونه‌های پیچیده، کاهش پیچیدگی نمونه و به حداکثر رساندن پوشش توالی پروتئین و تشخیص محدوده دینامیکی توصیه می‌شود.

مشخصات خدمات

آماده سازی نمونه و خدمات

• هضم با استفاده از تریپسین با کیفیت مناسب برای توالی‌یابی انجام می‌شود.
• تجزیه نمونه Off-line با استفاده از تکنولوژی HPLC
• هر قطعه با استفاده از nano-flow LC-MS/MS تجزیه و تحلیل می‌شود.
• داده‌های Peptide Spectral Match (PSM) برای ساختن پروفایل پروتئوم استفاده می‌شود.

استاندارد کیفیت

• خلاصه، شامل کلیه روش‌ها و تجزیه و تحلیل داده‌ها است.
• گزارش‌ها در قالب Excel یا PDF ارائه می‌شود. در صورت درخواست، امکان ارائه فایل‌های خام نیز وجود دارد.

مدت زمان ارائه خدمات

• معمولاً 4-5 هفته از زمان پذیرش QC نمونه تا تحویل گزارش داده‌ها.

الزامات نمونه

تحلیل داده‌ها

بیوانفورماتیک پیشرفته

• تجزیه و تحلیل داده‌ها و اعتبار سنجی با Mascot انجام می‌شود.
• تجزیه و تحلیل رده GO (Gene ontology).
• تجزیه و تحلیل رده COG (خوشه‌ای از گروه‌های پروتئین Orthologous).
• تجزیه و تحلیل مسیرهای زیستی.