توالی یابی 16S/18S/ITS

شرح خدمت

با توجه به این که روش­ های جداسازی متداول و وابسته به کشت، مطالعه ریزسازواره ها را در محیط طبیعی شان با چالش مواجه می کنند، بیش از 99 درصد از ریزسازواره های طبیعی را نمی توان به صورت کلونی جداسازی و کشت کرد. مطالعات متاژنوم مواد ژنتیکی که مستقیماً از نمونه های محیطی بازیابی می شوند، از فناوری پیشرفته NGS به عنوان روشی برای بررسی تنوع زیستی میکروبی، بهره مند شده اند.

نواحی 16S و 18S rDNA، بخش ها یا قطعات به شدت متغیری در ژن های 16S یا 18S rRNA باکتری ها و قارچ ها هستند، در صورتی که ITS (نواحی فاصله گذار رونویسی شونده داخلی، Internal Transcribed Spacer)، یک فاصله دهندهDNA بین ژن های زیر واحد کوچک و زیر واحد بزرگ ژن های rRNA در باکتری ها، قارچ ها و آرکئا به شمار می روند.

مقایسه توالی نواحی 16S/18S/ITS به طور گسترده ای در رده بندی و فیلوژنتیک مولکولی استفاده می شود، زیرا این نواحی دارای درجه بالایی از تنوع، بین گونه های نزدیک خویشاوند بوده و امکان تکثیر آسان آنها از طریق PCR، حتی با استفاده از مقادیر پایین DNA، نیز وجود دارد.

شرکت ما تجربه گسترده‌ای در ارائه خدمات گسترده مرتبط با نیازهای تحقیقاتی در زمینه 16S، 18S rDNA و ITS دارد. مقیاس پذیری توالی یابی و فناوری اختصاصی مورد استفاده، قیمت گذاری بسیار اقتصادی را در خصوص این خدمت تضمین می کند.

جزئیات کلیدی خدمات

• گزارش‌ها و فایل‌های داده خروجی در فرمت های استاندارد متداول ارائه می‌شوند: داده‌های BAM، .xls، png. و FASTQ.
• خدمات توالی‌یابی Amplicon (محصولات PCR) 16S/18S/ITS ما، با سیستم توالی‌یابی Illumina HiSeq 2500 یا MiSeq انجام می‌شوند.
• توالی‌یابی PE250 توسط MiSeq یا HiSeq 2500 و PE300 توسط MiSeq انجام می شود.

استاندارد کیفی توالی‌یابی

• بسته به استراتژی توالی‌یابی انتخابی، تا 80 درصد بازها با امتیاز کیفی ≥ Q30.
• پوشش توالی‌یابی توصیه شده، به پیچیدگی نمونه بستگی دارد.

الزامات نمونه

DNA ژنومی

• غلظت:≥ ng 50.
• حجم: ≥ ng/μl 6.

قطعه PCR

• غلظت: ≥ μg 1.
• حجم: ≥ ng/μl 10.

مدت زمان ارائه خدمات

• 45 روز کاری معمولی از زمان پذیرش آزمون کنترل کیفی (QC) نمونه تا ارائه داده‌های خام پیرایش (تمیز) شده.
• امکان تسریع در ارائه خدمات وجود دارد.