پروتئومیکس کمی Label-Free DIA

شرح خدمات

BGI در ارزیابی راندمان کمی‌ و نیز استانداردسازی و هماهنگ سازی آنالیز پروتئومیکس در پروژه های بین المللی چند ملیتی DIA در مطالعات پزشکی دقیق، مشارکت دارد. ما راه‌حل‌های نوآورانه‌ای در بهینه‌سازی فرآیند اندازه‌گیری دقیق پروتئین‌ها در ماتریس‌های زیستی پیچیده و سایر مخلوط‌های پیچیده توسعه و ارائه داده‌ایم.

پروتئومیکس کمی Label-Free DIA

DIA یک تکنیک کمی بدون برچسب است که کمی سازی بسیار پایدار و پوشش پروتئوم گسترده‌ای ایجاد می کند. ما یک کتابخانه طیفی اختصاصی با نمونه خاص شما ایجاد می‌کنیم و سپس، نمونه‌های انفرادی را با استفاده از Nano-flow LC-MS/MS در DIA scanning mode تجزیه و تحلیل می‌کنیم. سرویس کمی سازی پروتئومیکس DIA بدون برچسب، برای پروژه‌های بلندمدت یا پروژه‌هایی با مجموعه‌های بزرگ نمونه که نیاز به کمی سازی دقیق و قابل تکرار دارند، ایده‌آل است.

گردش کار پروژه

• آماده سازی نمونه
• HPLC-UV Fractionation
• تجزیه و تحلیل LC-MS/MS DDA
• ایجاد و به روز رسانی کتابخانه DDA
• تجزیه و تحلیل LC-MS/MS DIA
• کمی سازی و بیوانفورماتیک.

مشخصات سرویس طیف سنجی جرمی

خدمات پروتئومیکس کمی DIA بدون برچسب، با استفاده Nano-flow liquid chromatography و طیف‌سنج جرمی پیشرفته (Q Exactive HF/HF-X و Orbitrap Fusion Lumos) انجام می‌شود.

آماده سازی نمونه و خدمات

• آنالیز QC هیدرولیز آنزیمی دقیقاً توسط LC-MS کنترل می‌شود.
• کتابخانه طیفی DDA که با استفاده از فناوری HPLC و sample fractionation تولید می‌شود.
• 2h/fraction برای غیر خون؛ و2h/fraction برای خون غیر انسان؛ 1h/fraction برای خون انسان.

استاندارد کیفیت

• خلاصه، شامل کلیه روش‌ها و تجزیه و تحلیل داده‌ها است.
• گزارش‌ها در قالب Excel یا PDF ارائه می‌شود. در صورت درخواست، امکان ارائه فایل‌های خام نیز وجود دارد.

مدت زمان ارائه خدمات

• معمولاً 4-5 هفته از زمان پذیرش QC نمونه تا تحویل گزارش داده‌ها.

الزامات نمونه

ما نمونه‌های پروتئین را در فرمت‌های مختلفی می‌پذیریم. برای دستیابی به حداکثر پوشش پروتئوم، توصیه می‌کنیم تا از خدمات جزء به جز کردن (fractionation) ما استفاده کنید که با استفاده از پلت‌فرم off-line UHPLC-UV انجام می‌شود.

تحلیل داده‌ها

بیوانفورماتیک پیشرفته

• تجزیه و تحلیل داده‌ها و اعتبار سنجی با Mascot انجام می‌شود.
• فهرست شناسایی و کمیت پروتئین
• آمار افتراقی داده‌های پروتئین و volcano plot
• تجزیه و تحلیل به مولفه های اصلی (PCA) و تجزیه و تحلیل خوشه‌ای
• تفسیر زیستی Protein GO/COG/KOG/Pathway
• تجزیه و تحلیل غنی سازی GO/COG/KOG پروتئین های افتراقی
• تجزیه و تحلیل برهمکنش پروتئین-پروتئین
• تجزیه و تحلیل جابجایی درون سلولی پروتئین
• تجزیه و تحلیل سری های زمانی
• تجزیه و تحلیل تکرارپذیری
• تجزیه و تحلیل همبستگی پروتئومیکس کمی و فسفوپروتئومیکس.